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Devido à sua capacidade de visualizar estruturas tridimensionais, os microscópios estéreo trinocular podem ser usados em uma variedade de aplicações. Um operador pode trabalhar na amostra que está estudando em tempo real enquanto ainda está sendo observada.
Existem muitos usos de microscópios estéreo em uma ampla gama de indústrias. Alguns usos incluem:
Cirurgia – O microscópio cirúrgico, uma variante do microscópio estéreo, é usado durante a microcirurgia em muitos hospitais
Paleontologia – Os paleontólogos usam microscópios estéreo quando limpam e analisam fósseis.
Pesquisa biológica – Microscópios estéreos são usados por biólogos para auxiliar nas dissecações.
Entomologia – Utilizada no estudo dos insetos sem a necessidade de dissecá-los.
Botânica – Os botânicos estudam flores e outras estruturas de plantas usando um microscópio estéreo
Técnicos usam microscópios estéreo quando consertam placas de circuito
Controle de qualidade – Os microscópios estéreos são usados em todos os tipos de indústria para verificar a qualidade dos produtos, incluindo a procura de microfraturas
Patologia - Os patologistas usam microscópios estéreo para examinar as condições da pele entre outros usos
Relojoaria – Os microscópios estéreo são úteis na relojoaria devido à natureza delicada e ao pequeno tamanho dos componentes.
Um dos pilares da pesquisa científica moderna, da indústria e da prática médica, as vantagens da esteremicroscopia sobre a microscopia composta padrão são notáveis.
Incrivelmente versáteis, eles continuam sendo uma das peças mais úteis do equipamento científico quase dois séculos depois que os primeiros exemplos utilizáveis foram projetados e, com mais desenvolvimentos tecnológicos, sem dúvida serão usados no futuro próximo.